Vitaliştii, printre care şi Paul Joseph Barthez (1734-1806), susţineau că unicitatea “corpurilor vii” este cea care le diferenţiază, până la un anumit punct, de “corpurile inerte”, care astfel nu se pot supune aceloraşi legi. Ei nu au ajuns până la descoperirea acestora, mulţumindu-se astfel să vorbească despre “forţa (sau energia) vitală”, pe care nu o defineau decât prin prisma efectelor sale, ea fiind cea din care decurg toate proprietăţile caracteristice fiinţelor vii: formare, reglare, reparare şi reproducere. Suntem deci în faţa unei teorii care nu oferă explicaţii în privinţa vieţii, dar refuză să o supună unei cuantificari, în contrast cu matematizarea fizicii practicată de unul ca Newton.
Hahnemann optează fără rezerve pentru vitalism şi expune doctrina energiei vitale în aforismele 9-16 (din ediţia a 6-a a Organon-ului).

§ 9 : “Forţa vitală spirituală care animă corpul material (organismul) în starea de sănătate şi îi conferă dinamism (independenţă) este nelimitată şi reuşeşte să menţină toate părţile organismului într-o activitate remarcabilă ca armonie, atât sub raportul senzaţiilor cât şi al funcţiilor acestuia, astfel încât spiritul dotat cu raţiune din noi poate să se folosească liber de acest instrument viu şi sănătos pentru a atinge cele mai înalte ţeluri ale existenţei”.

§ 11 : “Când fiinţa umană se îmbolnăveşte, această forţă vitală (principiul vieţii) spirituală, prezentă în intregul organism şi activă prin ea însăşi, care este perturbată în primul rând de către influenţa dinamică a agentului morbid ostil vieţii. Numai principiul vital, tulburat şi desincronizat poate să producă în organism acele senzaţii dezagreabile care îl vor determina să dezvolte procese neobişnuite pe care noi le numim boli, deoarece această forţă în sine invizibilă şi care poate să se facă cunoscută numai prin efectele sale asupra organismului, nu îşi exprimă perturbarea morbidă decât prin manifestarea bolii asupra senzaţiilor şi funcţiilor acestuia (singura parte a organismului accesibilă simţurilor unui observator şi unui medic), adică prin simptomele morbide, singurele care permit recunoaşterea ei”.

   Nota anexata, § 11, precizează: “Care este modalitatea prin care forţa vitală determină apariţia manifestărilor morbide în organism? Cum dă naştere ea bolii? Răspunsul la aceste întrebări nu poate fi de nici un ajutor medicului, căruia nu i se vor dezvălui legile Universului. Creatorul vieţii nu i-a permis să cunoască decât ceea ce îi va fi absolut necesar să ştie despre boală şi ceea ce îi este de altfel suficient pentru a o putea vindeca”.

   Mai apoi, în § 14, Hahnemann scrie: “Nu există afecţiuni şi nici modificări morbide, invizibile în corpul uman, care să nu poată fi vindecate şi pe care observatorii atenţi la semnele şi simptomele bolii să nu le poată recunoaşte; iată o dovadă în plus a bunatăţii infinite şi a marii înţelepciuni a Ocrotitorului vieţii.”

   După cum se poate observa, Hahnemann face referiri la “Creator”, aspect ce va fi comentat mai departe. Kent este mai îndrăznet în afirmaţiile sale şi adaugă noţiunea de suflet la teoria sa vitalistă: “Luaţi ca exemplu cea mai simplă formă de viaţă cunoscută. Dacă o supunem acţiunii forţelor fizice şi chimice o vom omorî ; nu se va mai mişca, nu se va mai reproduce, nu se va mai hrăni, nu va putea fi omorâtă din nou ".

   Există deci ceva ce poate fi îndepărtat prin intermediul unei forţe fizice. Nu putem atunci să apreciem că există, pe lângă aceste forţe, ceva care îi dă viaţă, formei respective? Nu este vorba numai de mişcarea acestei forme, din moment ce oricât am mişca-o va rămâne tot moartă. A fost extras ceva a cărui percepţie nu poate aparţine decât inteligenţei.(…) Nu este vorba nici de celule nici de ţesuturi, atât de mici,dealtfel,  încât nu pot cuprinde Sufletul şi  forţa vitala  ”.

   In prima prelegere Kent afirmă: ”Se spune că omul moare, fără îndoială că moare, dar murind el lasă corpul său aici, în lumea fizică. Noi îl disecăm şi putem astfel să regăsim toate organele sale. Astfel tot ce poate fi apreciat cu ajutorul simturilor constituie omul fizic, este tot ceea ce aparţine fiinţei sale şi poate fi atins cu degetele noastre şi văzut cu ochii noştri şi este ceea ce lasă în urma sa, în urma morţii sale; dar ceea ce reprezintă cu adevărat omul bolnav, precede trupul său bolnav şi astfel ajungem la concluzia că omul bolnav trebuie să se afle, putem pune, undeva înafara sicriului său.”

   Să deschidem o paranteză de ordin istoric. Vitalismul este prezent în gândirea lui Hahnemann chiar de la început, dar în mod explicit numai începând cu 1833 (în § 10-12, ale ediţiei a 5-a a Organon-ului). În 1796 dovada prezenţei sale se găseşte deja în § 64-66 ale "Eseului asupra unui nou principiu pentru descoperirea virtutilor curative ale substantelor medicinale, urmat de cateva aprecieri asupra principiilor admise pana în zilele noastre". Aceste trei paragrafe vorbesc despre antagonismul dintre efectele succesive primare şi secundare ale substanţelor medicinale experimentate pe omul sănătos, ceea ce implică existenţa unei succesiuni: “acţiunea substanţei/reacţia subiectului”. De asemenea, în ediţia a 2-a a Organon-ului (prima tradusă în franceză, de către Von Brunnow), se regăsesc încă din prefaţa autorului (datată 1818), noţiunile de “putere invizibilă”, “proprietate dinamică” (pagina XLIX), iar în cuprinsul lucrării, noţiunile de “afectare dinamică” (§ 20), “alterări dinamice ale existenţei noastre” (nota anexată § 25) şi de “forţă vitala”, numită ca atare în § 308.

   O completare asemănătoare priveşte drumul parcurs de Hahnemann în privinţa diluţiilor. La început el vorbeşte despre folosirea de doze experimentale sau terapeutice netoxice (înca din Eseul din 1796, putem identifica substanţe pe care le mai folosim încă, cum ar fi cele trei varietăţi de cucută, arsenicul, belladona, etc…a căror toxicitate era deja cunoscută). Mai târziu, constatarea agravării homeopatice iniţiale l-a condus pe Hahnemann către trei diluţii înalte utilizate şi în prezent (in editia a 2-a a Organon-ului acestea sunt denumite “rarefieri”, caracterizate mai târziu ca “imateriale”, precum şi “dinamizări”). În plus, concepţia vitalistă permitea teoretizarea observaţiilor experimentale: Hahnemann nu a identificat niciodată o limită superioară a diluţiilor de la care nici un remediu nu ar mai fi avut efect. Mai mult, cercetările sale au demonstrat că acţiunea diluţiilor-dinamizări nu era niciodată “dependentă de doză” (cum se susţine astăzi), dar nici nu se supune “legii tot sau nimic” (o expresie încă actuală), ci, pentru a încerca o nouă formulare, acţiunea este ăntotdeauna “dependentă de similitudine”.

   Ideea lui Hahnemann privind posologia era de a găsi cea mai mică doză capabilă să producă o boală artificială superioară ca forţă celei naturale, astfel încât prima să o poată îndepărta pe cea de a doua, fără a provoca o agravare iniţială foarte marcată. Această idee se regăseşte şi în nota anexată, § 62, al Eseului din 1796 (“…remediul se va administra la o astfel de doză încât boala artificială pe care o provoacă să se manifeste într-o manieră aproape imperceptibilă…”) şi este amplu dezvoltată în § 300-305 din ediţia a 2-a a Organon-ului. In ultimele scrieri ale lui Hahnemann, fenomenul diluţie-dinamizare este considerat ca o cale de trecere din planul fizic în cel dinamic, în timp ce Kent îl vede în mod decis ca o trecere din planul material în cel spiritual.

   Opozitia punctelor de vedere mecanicist şi vitalist reprezinta un vast subiect de dezbatere care l-a facut pe unul din epistemologii zilelor noatre, Dominique Lecourt să se întrebe: